COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-18 17:00:00 14.042714 14.042714 13.455133
2021-02-17 17:00:00 12.655123 12.655123 13.480658
2021-02-16 17:00:00 12.301606 12.301606 13.489043
2021-02-15 17:00:00 12.560230 12.560230 13.572499
2021-02-14 17:00:00 13.587370 13.587370 13.695906
2021-02-13 17:00:00 14.393295 14.393295 13.782748
2021-02-12 17:00:00 14.944875 14.944875 13.883935

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-18 17:00:00 11.185890 11.185890 10.931151
2021-02-17 17:00:00 10.443491 10.443491 10.749962
2021-02-16 17:00:00 12.563710 12.563710 10.510558
2021-02-15 17:00:00 3.670041 12.369459 10.172535
2021-02-14 17:00:00 6.230704 6.230704 10.089805
2021-02-13 17:00:00 11.616739 11.616739 10.120087
2021-02-12 17:00:00 9.454449 9.454449 10.007370

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-18 17:00:00 13.619632 15.823970 15.887192
2021-02-17 17:00:00 11.409396 16.472868 16.210542
2021-02-16 17:00:00 14.492754 14.492754 16.415558
2021-02-15 17:00:00 12.946429 16.472868 16.498173
2021-02-14 17:00:00 14.829659 14.829659 16.580955
2021-02-13 17:00:00 13.815789 13.815789 16.400235
2021-02-12 17:00:00 17.441860 17.441860 16.231858

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-18 17:00:00 8.345902 8.345902 7.155872
2021-02-17 17:00:00 7.465964 7.465964 7.260792
2021-02-16 17:00:00 5.990099 5.990099 7.301322
2021-02-15 17:00:00 9.384164 5.621432 7.253402
2021-02-14 17:00:00 7.420147 7.420147 7.128029
2021-02-13 17:00:00 9.697218 9.697218 7.152908
2021-02-12 17:00:00 4.976201 4.976201 7.280795

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-18 17:00:00 12.093488 12.093488 12.801489
2021-02-17 17:00:00 12.648571 12.648571 12.821553
2021-02-16 17:00:00 17.466913 12.884132 12.986573
2021-02-15 17:00:00 14.721122 12.895038 13.315726
2021-02-14 17:00:00 11.449182 11.449182 13.738586
2021-02-13 17:00:00 13.677550 13.677550 13.953695
2021-02-12 17:00:00 14.562761 14.562761 14.201802

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-18 17:00:00 27.043373 27.043373 24.250673
2021-02-17 17:00:00 17.860254 17.860254 24.438800
2021-02-16 17:00:00 16.473792 16.473792 24.642664
2021-02-15 17:00:00 42.279635 27.120296 24.863968
2021-02-14 17:00:00 28.347975 28.347975 25.248447
2021-02-13 17:00:00 29.795755 29.795755 25.482461
2021-02-12 17:00:00 29.986352 29.986352 25.713876

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-18 17:00:00 10.405083 10.405083 11.990950
2021-02-17 17:00:00 11.863199 11.863199 12.112323
2021-02-16 17:00:00 10.699588 10.699588 12.201086
2021-02-15 17:00:00 9.638554 11.152263 12.379393
2021-02-14 17:00:00 11.446741 11.446741 12.602207
2021-02-13 17:00:00 13.901869 13.901869 12.953570
2021-02-12 17:00:00 13.835878 13.835878 13.266594

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-18 17:00:00 5.994152 5.994152 5.488153
2021-02-17 17:00:00 5.489380 5.489380 5.527213
2021-02-16 17:00:00 4.687992 4.687992 5.484956
2021-02-15 17:00:00 9.615385 4.409376 5.451204
2021-02-14 17:00:00 5.309793 5.309793 5.486053
2021-02-13 17:00:00 6.149919 6.149919 5.472630
2021-02-12 17:00:00 6.236042 6.236042 5.462893

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-18 17:00:00 10.943644 10.943644 11.676144
2021-02-17 17:00:00 10.058594 11.990687 11.893660
2021-02-16 17:00:00 8.493467 8.493467 11.948796
2021-02-15 17:00:00 13.739377 11.952191 12.095756
2021-02-14 17:00:00 15.792507 15.792507 12.566275
2021-02-13 17:00:00 12.101654 12.101654 12.856497
2021-02-12 17:00:00 12.590064 12.590064 13.073500

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-18 17:00:00 21.926796 21.926796 20.997728
2021-02-17 17:00:00 19.450877 19.450877 20.989131
2021-02-16 17:00:00 21.596842 21.596842 21.080013
2021-02-15 17:00:00 18.518519 18.518519 21.039050
2021-02-14 17:00:00 20.438181 20.438181 20.903142
2021-02-13 17:00:00 22.690583 22.690583 20.918282
2021-02-12 17:00:00 21.853101 21.853101 20.614042

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-18 17:00:00 10.652783 10.652783 10.997212
2021-02-17 17:00:00 13.522825 13.522825 11.150768
2021-02-16 17:00:00 9.248748 9.248748 11.108940
2021-02-15 17:00:00 21.297837 3.749268 11.242540
2021-02-14 17:00:00 14.460285 14.460285 11.424852
2021-02-13 17:00:00 10.427394 10.427394 11.590011
2021-02-12 17:00:00 15.084944 15.084944 11.766894

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-18 17:00:00 13.209220 13.209220 9.083498
2021-02-17 17:00:00 9.950249 9.950249 8.999688
2021-02-16 17:00:00 2.405498 0.747065 8.898048
2021-02-15 17:00:00 12.023460 12.023460 9.026528
2021-02-14 17:00:00 8.811959 8.811959 9.197842
2021-02-13 17:00:00 8.295455 8.295455 9.297947
2021-02-12 17:00:00 10.764588 10.764588 9.489975

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-18 17:00:00 71.556886 71.556886 85.084174
2021-02-17 17:00:00 69.551777 69.551777 87.609697
2021-02-16 17:00:00 155.371901 88.056206 89.480837
2021-02-15 17:00:00 52.475248 139.603960 90.480304
2021-02-14 17:00:00 62.302839 62.302839 90.043601
2021-02-13 17:00:00 97.603834 97.603834 91.143631
2021-02-12 17:00:00 86.720867 86.720867 91.014154

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-18 17:00:00 95.424837 95.424837 79.818410
2021-02-17 17:00:00 73.349057 73.349057 80.033704
2021-02-16 17:00:00 69.395018 69.395018 78.675228
2021-02-15 17:00:00 16.560510 139.490446 76.413329
2021-02-14 17:00:00 67.338710 67.338710 75.096931
2021-02-13 17:00:00 66.935484 66.935484 74.540929
2021-02-12 17:00:00 83.269962 83.269962 74.032677

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-18 17:00:00 14.069082 14.069082 12.675457
2021-02-17 17:00:00 13.108256 13.108256 12.549201
2021-02-16 17:00:00 13.279366 13.279366 12.399764
2021-02-15 17:00:00 15.363031 7.811664 12.200133
2021-02-14 17:00:00 13.725000 13.725000 12.303924
2021-02-13 17:00:00 13.358302 13.358302 12.396277
2021-02-12 17:00:00 16.227824 16.227824 12.509839

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-18 17:00:00 20.327553 20.327553 21.951890
2021-02-17 17:00:00 22.297980 22.297980 22.373231
2021-02-16 17:00:00 15.139616 15.139616 22.303073
2021-02-15 17:00:00 17.903477 21.602252 22.927047
2021-02-14 17:00:00 56.264412 19.725141 23.683619
2021-02-13 17:00:00 26.884780 26.884780 24.086404
2021-02-12 17:00:00 26.106987 26.106987 24.653482

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-18 17:00:00 6.765900 6.765900 4.458555
2021-02-17 17:00:00 4.890085 4.890085 4.570042
2021-02-16 17:00:00 2.929427 2.929427 4.510001
2021-02-15 17:00:00 4.096562 4.096562 4.518844
2021-02-14 17:00:00 5.303514 5.303514 4.705155
2021-02-13 17:00:00 3.717949 3.717949 4.792069
2021-02-12 17:00:00 4.097975 4.097975 4.966315

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-18 17:00:00 8.450704 8.450704 9.546925
2021-02-17 17:00:00 8.570923 8.570923 9.789893
2021-02-16 17:00:00 11.038502 11.038502 10.084307
2021-02-15 17:00:00 8.266932 8.982803 10.274160
2021-02-14 17:00:00 13.030468 8.800294 10.519264
2021-02-13 17:00:00 10.659600 10.659600 10.820901
2021-02-12 17:00:00 8.630691 8.630691 11.023416

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-18 17:00:00 8.396276 9.806134 7.079381
2021-02-17 17:00:00 7.681606 7.681606 7.052560
2021-02-16 17:00:00 5.905826 4.665826 7.003457
2021-02-15 17:00:00 9.607183 4.517627 7.100989
2021-02-14 17:00:00 7.702932 7.702932 7.215296
2021-02-13 17:00:00 7.580117 7.580117 7.333690
2021-02-12 17:00:00 7.606194 7.606194 7.482052

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-18 17:00:00 32.254803 32.254803 27.939493
2021-02-17 17:00:00 34.245504 34.245504 27.592272
2021-02-16 17:00:00 20.656028 20.656028 27.381975
2021-02-15 17:00:00 64.497041 27.052385 26.517988
2021-02-14 17:00:00 25.325239 25.325239 26.320885
2021-02-13 17:00:00 25.840179 25.840179 26.036116
2021-02-12 17:00:00 33.021390 33.021390 25.961032

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-18 17:00:00 11.224490 11.224490 9.271577
2021-02-17 17:00:00 14.736842 14.736842 9.098865
2021-02-16 17:00:00 3.225806 4.255319 9.344557
2021-02-15 17:00:00 37.500000 9.677419 9.607344
2021-02-14 17:00:00 4.629630 4.629630 9.719960
2021-02-13 17:00:00 9.473684 9.473684 9.936508
2021-02-12 17:00:00 10.227273 10.227273 10.052563

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-18 17:00:00 30.647059 19.514706 22.657931
2021-02-17 17:00:00 17.342263 17.342263 23.113636
2021-02-16 17:00:00 24.557352 24.557352 23.489474
2021-02-15 17:00:00 17.007763 25.461936 23.408628
2021-02-14 17:00:00 22.489083 22.489083 23.529085
2021-02-13 17:00:00 26.039305 26.039305 23.916269
2021-02-12 17:00:00 27.906977 27.906977 24.098389

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 11.185890 11.185890 10.931151
Basilicata 13.619632 15.823970 15.887192
Calabria 8.345902 8.345902 7.155872
Campania 12.093488 12.093488 12.801489
Emilia-Romagna 27.043373 27.043373 24.250673
Friuli Venezia Giulia 10.405083 10.405083 11.990950
Lazio 5.994152 5.994152 5.488153
Liguria 10.943644 10.943644 11.676144
Lombardia 21.926796 21.926796 20.997728
Marche 10.652783 10.652783 10.997212
Molise 13.209220 13.209220 9.083498
P.A. Bolzano 71.556886 71.556886 85.084174
P.A. Trento 95.424837 95.424837 79.818410
Piemonte 14.069082 14.069082 12.675457
Puglia 20.327553 20.327553 21.951890
Sardegna 6.765900 6.765900 4.458555
Sicilia 8.450704 8.450704 9.546925
Toscana 8.396276 9.806134 7.079381
Umbria 32.254803 32.254803 27.939493
Valle d'Aosta 11.224490 11.224490 9.271577
Veneto 30.647059 19.514706 22.657931

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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